Le Conseil de Fondation est l’organe suprême de la fondation. C'est le seul organe qui est prescrit par la loi et dispose de tous les pouvoirs.
Sa mission est de prendre des décisions concernant la caisse. Le président est désigné par les représentants employeurs de l'Hôpital du Valais. Le Conseil de Fondation se constitue lui-même pour les autres fonctions en particulier la désignation des membres des commissions du Conseil de Fondation et nomme l'organe de contrôle ainsi que l'expert.
Il se réunit plusieurs fois par année, au minimum 2 fois.